Skara skola har sina rötter i 1200-talets inrättande av domkapitel och den katolska kyrkans behov av församlingspräster. De präster som kom från tidigt kristnade länder använde kyrkans språk vilket var latin. Man insåg snart att man behövde inhemska män som behärskade svenska språket. Det var inte heller helt enkelt att få präster utifrån att flytta hit. 

Biskop Brynolf Algotsson lät vid slutet av 1200-talet uppföra den första fristående skolbyggnaden vid domkyrkan, öster om domkyrkans kor. Mycket tyder på att det fanns en grundutbildning, en trivialskola i samma hus. Den första skolbyggnaden brann ner i en stadsbrand 1566. Den byggdes upp på nytt och användes till slutet av 1500-talet då den även försågs med en andra våning.

År 1641 lät drottning Christina besluta om att Skara skulle inrätta ett gymnasium, detta skedde genom hennes förmyndarregering. År 1692 nämns en biblioteksbyggnad intill kyrkans nordöstra del. Efter den stora stadsbranden år 1719 då nästa hela staden brann ner, byggdes skolhuset på Skoltorget /Krabbelund upp igen år 1722 och användes fram till 1833.

År 1833 uppfördes ett nytt skolhus, där tidigare Djäkneskolan stått. På 1800-talet ökade bokbeståndet och det planerades ett nytt bibliotekshus. Åbomska huset, som det nya biblioteket kallades uppfördes 1858-1859. Det första gymnastikhuset uppfördes år 1840 i den gamla skolstaden. År 1864 förrättades den första studentexamen i Skara. 

År 1871 uppfördes den nya Katedralskolan som ritades av arkitekt Helgo Zettervall, en pampig byggnad i götisk stil. 

Eleverna vid gymnasiet kallades för skaradjäknar och betyder "diakoner från Skara". Diakon var en lägre kyrklig titel.