1992 kom återigen förslag om att institutionen skulle flyttas till Uppsala. Men Skara var ett stort namn i forskarvärlden. Den nytillträdde professorn, Bo Algers, kontaktade forskarkollegorna och bad dem yttra sig om planerna. Reaktionen blev mäktig, minst sagt. Resultatet blev även denna gång ytterligare förstärkning i Skara, vars anläggning räknades som Sveriges fjärde SLU. De övriga är Uppsala, Umeå och Alnarp.

Försöksgården flyttade in i institutionen, som Enheten för produktionssjukdomar. Uppdraget från Lantbruksstyrelsen var att pröva om de nya metoder för djurskötsel och nya inredningsdetaljer i djurmiljöerna var lämpliga för djurens hälsa. Den kvalitet som forskningen håller motiverade en proffessur i produktionssjukdomar och ytterligare en för djurskydd. 

År 1993 höll Europarådets djurskyddskommitté ett veckolångt möte med delegationer från mer än 35 länder i Skara. På SLU i Skara fanns sedan länge goda internationella kontakter. Under 2000-talet har institutionens forskare anlitats som experter av Europarådet och senare EU och internationella kongresser och forskarmöten.

År 2002 stod det nybyggda forskningshuset klart och Institutionen för Husdjurens Miljö och Hälsa flyttade in. Man ansvarade för delar av veterinärutbildningen, för utbildningen i Etologi och Djurskydd, i Djursjukvård och för TUVE-programmet. Det senare syftar till att ge utländska veterinärer svensk legitimation. Det innebär tre års utbildning och uppgradering av kunskaper för utländska studenter, som kommer till Skara några gånger under utbildningens gång. Sammantaget berördes uppdragsutbildningarna
ca 1 000 personer per år.