Johannes föddes den 16 september 1878 på egendomen Degeberg i Rackeby församling ute på Kållandsö.  Hans föräldrar var Johannes (Jansson) Lindström (1842 - 1924) och Anna Sofia Lindström (1838 - 1921 född Wångdahl).  Johannes var deras enda barn och föräldrarna var lite äldre när han föddes. Fadern var trädgårdsmästare på Degeberga egendom. Trots att Johannes vistades mycket ute bland blommor och blad kom han att välja en annan väg i sitt liv. Hans intresse för läsning och musik var det som kom att staka ut hans väg i livet.    

Som 17-åring, år 1895, började Johannes sin lärarutbildning vid Göteborgs folkskoleseminarium. Att komma till den stora staden var nog ganska omvälvande för en 17-åring från landet. Varför Johannes kom att gå sin utbildning i Göteborg och inte i Skara, där ett folkskoleseminarium också fanns, är oklart. Kanske var en förklaring att Skara Folkskoleseminariet saknade organist- och kyrkosångutbildningen vilket var något som Johannes även ville utbilda sig inom.  År 1899 var Johannes klar med sin utbildning i Göteborg, han var nu både folkskollärare och organist- och kyrkosångsutbildad. Arbetsmarknaden låg nu öppen för honom och var han skulle bli verksam var ett osäkert kort.