På 1860-talet ökade evelantalet och detta kom att stiga till 300-400 elever. Skolan från 1833 som under åren byggts till och om kom att bli för liten. 
Domkyrkoarkiteten Helgo Zettervall fick i uppdrag av domkapitlet att utföra ritningar på ett helt nytt skolhus på samma tomt. Det var en imponerande byggnad i gotisk stil. På vardera sidan om mittenbyggnaden skulle flyglar byggas och över mittendelen planerades en högtidssal. Än idag finns det gamla skolhuset kvar och ligger strax intill domkyrkan. 

År 1871 stod det nya huset färdigt och kom då att förvaltas av staden istället för stiftet. Under åren 1878-1965 fanns beteckningen Högre Allmänt Läroverk, denna beteckning finns sedan byggnationen över entrén.  Vid denna tid styrde domkapitlet skolan, men skolans lektorer satt också i domkapitlet, så skolan och kyrkan styrde varandra till viss del. 

1902 infördes realskolan som en latinfri utbildning mellan folkskolan och gymnasiet, för att eleverna skulle kunna gå ut med lägre examen. Den avvecklades från och med 1962 i samband med att grundskolan succesivt infördes över hela Sverige. 

Det dröjde till 1927 innan flickorna hade fått tillträde till skolan. Redan tjugo år senare utgjordes dock halva elevantalet av flickor. 

År 1941 byggdes den nya institutionsbyggnaden på Östra Kungshusgatan 3, i denna genomfördes de naturvetenskapliga ämnen. Denna byggnad kom senare 1972 att bli förvaltningshus och senare musikskolan/kulturskola. 

Kyrkans tillsynsverksamhet med biskopen som tillsynsman upphörde 1958 och alla skolor i kommunen fick en gemensam kommunal styrelse.

Återigen blev gymnasieskolan för liten och år 1972 stod det nya skolhuset i stadens nordöstra utkant klart, namnet på skolan var Gymnasieskolan i Skara. Det dröjde fram till 1988 då skolan fick det gamla namnet "Katedralskolan". Den gamla gymnasiebyggnaden vid domkyrkan döptes om till "Djäkneskolan" och inrymde mellan åren 1972-2017 högstadium årskurs 7-9-

I kommunen fanns två högstadieskolor, Djäkneskolan och Teglaskola. Diskussionen om en gemensam högstadieskola i Skara pågick flera år då, både Teglaskolan och Djäkneskolan inte var så funktionella och behovet av renoveringar fanns. Beslut om en ny högstadieskola togs, denna invigdes höstterminen 2017.

Under drygt 1,5 år renoverades det gamla läroverket vid domkyrkan kom att bli Skara stadshus som invigdes 13 november 2019. Den gamla skolbyggnaden bjuder på en fin historisk miljö, arkitektoniska och historiska deltaljer har bevarats. Delar av stadshuset kommer att vara tillgängligt för allmänheten med medborgarservice. Totalt kommer 110 medarbetare från kommunensn förvaltningar att arbeta i det nya stadshuset.