I skolans ledningar har vid sidan av styrelsen funnits en föreståndare eller rektor. Under skolans första 90 år leddes den av endast fyra rektorer. 

Fredrik Hamnström f. 1855 d. 1915, ledde skolan 1884-1915 och var grundare.

Arvid Lampa f. 1872 d.  1939 utsågs till rektor vid Lantmannaskolan år 1915 och  han var även ordförande, sekreterare och styrelseledamot i flertalet föreningar inom jordbrukssektorn. Han fick även guldmedalj av Skaraborgs Läns Hushållningssällskap för förtjänstfullt arbete. 

Valfrid Lengdén f. 1895 d. 1981 var verksam 1938-1960. Han fick genast en svår nöt att knäcka. År 1939 hade riksdagen beslutat att lantmannaskolorna skulle ha eget jordbruk. Detta saknades i Skara. Att arbeta inom lantbruksektorn krävde praktiska kunskaper och möjligheten att nå elever utan erfarenheter ökade om utbildningen kunde ge detta. I Skara hade eleverna hade fått se på byggnader, maskiner och djur på veterinärinrättningens Brogården, men det kunde ge mer än en flyktig överblick. Skolan måste överväga att flytta, men Skara stad kämpade hårt för att få behålla utbildningen inom sina domäner. 

Erik Väringer, tjänstgjorde 1960-1978. Erik hade tidigare varit lärare och agronom på skolan. 

Karl-Erik Höckerfeldt tillträdde som rektor i början av 1980-talet. "Gröna vågen" på 1980-talet medförde att elevantalet fördubblades.

Ingela Appelsved tillträdde efter Höckerfelt och och tjänstgjorde i 5 år. 

Bengt Johansson och Fredrik Ödéen var rektor under ett par år vardera. 

Bengt Weidow tillträdde som rektor 2007, han hade under många år varit lärare på skolan.

Därefter har ytterligare rektorer funnits på skolan.