Under närmaste årtiondena infann sig ett visst lugn, men på 1930-talet kom åter förslaget att verksamheten skulle avvecklas. Skaraborgs Läns Hushållningssällskap hade bl.a. begärt att få köpa de jordbruksfastigheter som var knutna till veterinärutbildningen för att anlägga en lantmannaskola nära staden. Delar av dessa marker vid Uddetorp hade förvärvats av Veterinärinrättningen. 

Under krigsåret 1940 var det dags för ett nytt hot från staten om nedläggning. Veterinärläkarföreningens styrelse agerade då kraftfullt och dåvarande statsråd Fritjof Domö som bodde på Fonera i Eggby, sägs ha fått ett veritabelt vredesutbrott i riksdagen. Detta räddade förmodligen inrättningen i Skara. Han måste ha rutit ordentligt, för nu skulle verksamheten vid djurkliniken dels utvecklas och moderniseras med bibehållen hovslagarutbildning, dels skulle veterinärvetenskaplig forskning indledas med egendomen Brogården som försöksgård. Verksamheten knöts till Veterinärhögskolan på så sätt att den nya styrelsen hade Veterinärhögskolans rektor som ordförande. 

År 1946 blev Fritiof Löfstedt blivit chef för djursjukhuset. Han lyckades på kort tid förvandla det hårt slitna huset till en modern och välfungerande anläggning och den var dessutom estetiskt tilltalande. Löfstedt såg också kvaliteterna hos Smedjan och behöll den, annars hade den troligtvis rivits. 

År 1948 upphörde utbildningen av hovslagare. På 1960-talet omvandlades försöksgården till Veterinärhögskolans försöksgård och den kom att läggas direkt under Veterinärhögskolans styrelse.