Enligt kungl. kungörelse den 21 oktober 1859 skulle kvinnor få ansökningsrätt till lärarbefattningar och tre folkskolelärarinne-seminarier inrättades. Senare reducerades dessa till två och det blev Stockholm och Skara.

Den andra epoken i skaraseminariets historia började höstterminen 1860. Då började 13 kvinnliga elever sina studier i samma lokaler som det manliga seminariet haft under de sista åren.
Precis som de manliga eleverna utgjordes denna gruppen av en stor variation både i avseende ålder och bakgrund. Den äldsta var en 47-årig änka och den yngsta en 16-årig flicka. Under några år var antalet elever omkring 15. Någon övningsskola fanns inte knuten till seminariet utan stadens folkskola fick tjänstgöra som detta. 

Domkyrkoadjunkten Johannes Granqvist fick tillfälligt tjänstgöring som förståndare. I konstitoriehuset planerades utbildningen i en stor sal och två gavelrum. Man förväntade sig inte något större antal ansökningar,  för vem vågade, vem ville bryta isen, fördomarna mot kvinnas uppträdande i församlingen!

I början av 1860-talet skedde en reglering och uniformering av folkskollärareutbildningen i landet. År 1862 fastställdes ett reglemente, utbildningen skulle vara treårig och följa en föreskriven läroplan. Avgångsexamen skulle ske inför hela konsistoriet. En inspektor skulle förordnas för varje seminarium. I ett kungligt brev två år senare tillkom ytterligare en del bestämmelser, bl.a. att intagningen skulle ske en gång per läsår och att avgångsexamen skulle ske endast vid läsårets slut. Följande år, 1865, kom en förordning vilket innebar bl.a. att en särskild folkskola skulle knytas till seminariets som övringsskola. 

Seminariet kom omkring 1865 in i lugnare och fastare banor, det hade varit några års trevande med flera skiften på föreståndarposten. Förste ordinarie rektor blev CO Klefbeck. Han ledde seminariet 1865 - 1881. Rektor Klefbeck var en rikt utrustad man, duglig lärare och förträfflig rektor. Till slut blev han nedbruten och efter läsåret 1880-81 upphörde han att själv förestå rektoratet. Sin adjunktbefattning skötte han dock med vissa avbrott ända till ett par år före sin dag. 

En övningsskola placerades i nedre våningen i konstoriehuset. I oktober 1865 förordnades pastor SJ Säterstrand till biträdande lärare vid övningsskolan, som var en med seminariet förenad folkskola.