Efter tillkomsten av VGJ och sedan VGJ:s köp av Skara - Kinnekulle järnväg 1904 och Mariestad - Kinnekulle järnväg 1909 hade bolaget fått ett sammanhängande spår Mariestad-Göteborg. Nu blev Västgötabanan som VGJ allmänt kallades, ett betydelsefullt parallellspår till stambanan. Det gynnade givetvis Skara station, som blev allt större och bangården utökades. Nu började också Skaras tätort att växa söder om bangården. För att underlätta för skaraborna att passera järnvägen byggdes 1903 genom LSSJ:s försorg på förslag av rektor Julin den välkända ”undergången ” som tillät gående att passera under bangården från Järnvägsgatan till Vallgatan. Det betydde mycket för dem, som bodde söder om järnvägen. ”Undergången” var spännande genom att man där kunde uppleva de bullrande tågen över huvudet, men den var också skrämmande att passera under mörka kvällar.

Vid denna tid tillkom också en plattform och ett staket, som åtskilde tågen på Göteborgslinjen och tågen på LSSJ-linjen. I vardera ände på denna platsform fanns en vattenkastare placerad så att tågen norrifrån använde den västra och tågen söderifrån tog vatten i den östra vattenkastaren. De långa godstågen tog i regel vatten i Kålltorp av praktiska skäl. Vid vattenkastarna stod också vagnar för aska och slagg på ett litet stickspår.

Eftersom SKVJ:s-spåret gick västerut från Skara bredvid Lidköpingsspåret blev det en del växlingsproblem när VGJ öppnades. För att kunna få tågen att gå direkt från Göteborg fanns det behov av att lägga om linjen så att SKVJ kom in till Skara österifrån. 1912 gavs tillstånd till ombyggnaden och från 1/10 1912 kunde man använda det 3,6 km långa spåret. Den gamla sträckningen har legat kvar och av skaraborna haft namnet ”Syndens väg”. Den har alltid haft ett romantiskt skimmer över sig i synnerhet på sommarkaféet Skogsbrynet vid Uddetorp var ett populärt tillhåll för svärmande ungdomar. I samband med denna spåromläggning byggdes en plattform mellan LSSJ-spåren och VGJ-spåren och bangården utvidgades.

Skara bangård behöll sitt utseende trots minskad verksamhet. 1987 kom dock den stora förändringen, som definitivt gav bangården ett nytt utseende genom ombyggnad av bussterminalen till en dubbelriktad bussgata. I samband med bussplattsform. Den är 130 m lång belagd med cementsten och gatsten, vilket gynnar återstående trafiken på museibanan. Bangården avkortades i södra änden med 160 m. Den sista stora förändringen kom 1993 då plattformstaketet från godsmagasinet i Stenstorp monterades upp i Skara. Detta kompletterades med en liten stationskur för museibanans trafikledning och försäljning. Plattformstaket är också till stor nytta för väntande bussresenärer.