Behovet av godstransporter var ju bakgrunden till järnvägens tillkomst och utveckling. Under d första åren var dock godstrafiken ringa och först i början av 1870-talet fick godstrafiken någon större betydelse. Det var ju vid denna tid som järnvägen i Skara började utvecklas. Till en början skötts person- och godstrafiken i samma tåg- Ett sådant blandat tåg hade en resehastighet av 25-30 km/tim. Så småningom renodlades trafiken och man gjorde rena godståg eller ibland blandade tåg. I de blandade tågen gick de viktiga vagnarna. Den övriga godstrafiken gick med speciella godståg, som gjorde uppehåll på stationerna för lastning, lossning och omkoppling av vagnar.

Tillgången till olika typer av godsvagnar var viktig. Det inköptes öppna och täckta godsvagnar, kalkvagnar, kylvagnar och också resgodsfinkor för persontågen. Kalkvagnarna var vita hade luckor över lasten. Kalken fick inte komma i kontak med vatten. Eftersom tågen till en början inte hade genomgående bromssystem var vissa godsvagnar försedda med bromskurar med skruvbroms, som sköttes av en bromsare. På de öppna godsvagnarna var det en träng oeldad hutt, som bjöd på en svår arbetsmiljö.

I Skara med sitt stora slakteri var de vita kylvagnarna ett vanligt inslag i godstågen. Problemet var att de måste omlastas bl.a. i Gårdsjö. Detta problem upphörde, när man börjande använda s.k. överföringsvagnar, som tog de normalspåriga vagnarna direkt till adressaten. Tågsätt med normalspåriga kylvagnar dragna av gröna diesellok blev en vanligt syn på 1950-talet i Skara. De tidigaste vagnarna kyldes med is men frystekniken utvecklades och moderna vagnar fick egna kylsystem. De iskylda vagnarna gick emellertid ända till 1970-talet.

Mycket livsmedel transporterades kortare vägar i vanliga tåg som ilgods. Det innebar att personalen fick hantera gods, som både kunde vara kladdigt och doftande. Fisk från Göteborg kom på kvällen till städerna i Skaraborg föra att säljas nästa morgon på torg och fiskaffärer.

Innan bilismen hade utvecklats fick järnvägen också sköta vissa speciella transporter. Personvagnar kunde utrustas för sjuktransporter och försågs med rött kors. När det gällde liktransporter blev en godsfinka försett med ett svart kors på vit botten och granriskbestrött golv. Det ingick i reglementet att lastning och lossning av kista skulle ske på avskild plats på stationen.