Under andra världskriget som bröt ut 1939 präglades järnvägen av två stora faktorer. Dels var det bränslebristen och dels var det den stora mängden militära transporter. 1940 ökades resandetrafiken på VGJ med 40 % under det att godstrafiken minskade med 13 %. På LSSJ som hade många militära resenärer från Axvall och Skövde hade antalet resande stadigt ökat från 1940 till fredsslutet. 1944 hade LSSJ de högsta siffrorna med 90 264 militära resande av det totala antalet resande, som var 685 565. Minskad export och import via Göteborg gjorde att godstrafiken minskade.

VGJ biltrafik

Tillkomsten av det västgötska smalspårsnätet innebar att många orter i vårt landskap fick goda möjligheter till person- och godstransporter. Det fanns efter första världskriget fortfarande orter som hade långt till järnvägsstationerna och det innebar tidsförlust och ökade kostnader. I och med tillkomsten av effektivare motorfordon minskade dessa problem. Våra lokala banor var tidiga med att anamma motorfordonen som förbindelsemöjligheter och det skapades busslinjer och lastbilstrafik. För Skaras del fick järnvägen koncession på flera busslinjer under 1930-talet. I september 1932 öppnades Skara - Lerdala - Timmersdala och Skara - Berg - Timmersdala som ersättning för den nedlagda järnvägen Skara - Timmersdala. 1934 tillkom Skara - Lidköping - Lundsbrunn och en linje som avsevärt förbättrade kontakten med Falköping, som man tidigare nådde endast med järnväg över Stenstorp. VGJ:s torvströfabrik på Röde mosse kunde, genom den lastbil som var placerad i Skara, förse de stora gårdarna på Varaslätten med torvströ.

Under andra världskriget blev det stora inskränkningar i bil- och busstrafiken. Dessa kunde dock så småningom begränsas genom övergång till gengasdrift. De linjer sombibehölls med reducerade tidtabeller var Skara - Falköping, Skara - Timmersdala och Skara - Lidköping.

I Skara fanns det garage för 7 fordon i SKVJ:s gamla lokstall och enklare reparationer utfördes i järnvägsverkstaden. VGJ:s bil- och busstrafik hade avsevärt utökat servicen för trafikanter och företag. Efter tillkomsten av busstrafiken var det verksamhet på båda sidor om stationen, då bussarna parkerade på stationsområdet i slutet på Järnvägsgatan.